ScholarGate
Assistent

Bioinformatik

112 metoder i denne familie.

Udvalgte

Admixture AnalysisAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheRekonstruktion af forfædres tilstandAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofATAC-seq AnalyseATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cChIP-seq Peak CallingChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based KoalescensteoriCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaAnalyse af kopitalvariansCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Læsesti

Dette emnes mest refererede grundlæggende metoder, i den rækkefølge de blev udviklet — et godt sted at begynde, hvis du er ny her.

  1. Analyse af kopitalvarians1998–2006af Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Pathway Enrichment Analysis2003–2005af Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Gen-sætsanrigelsesanalyse (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)af Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Genomdækkende associationsstudie (GWAS)2005–2007af Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Epigenom-dækkende associationsstudie (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)af Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. RNA-seq Differential Expression2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)af Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Single-cell RNA-seq Analyse2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016af Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Variant Calling2009–2010 (modern high-throughput era)af Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
alle metoder på denne hylde ↓

Alle metoder 112

Admixture AnalysisRekonstruktion af forfædres tilstandATAC-seq AnalyseChIP-seq Peak CallingKoalescensteoriAnalyse af kopitalvariansCRISPR-screenanalyseKryo-EM RekonstruktionDe Novo Transcriptome AssemblyDifferential ChIP-seq Peak CallingDifferential Copy Number Variation AnalysisDifferential Epigenome-Wide Association StudyDifferential eQTL AnalyseDifferential Metabolomics AnalyseDifferential Pathway Enrichment AnalysisDifferential ProteomiksanalyseDifferential analyse af enkeltcelle-RNA-sekventeringDifferential variant callingEpigenom-dækkende associationsstudie (EWAS)Epigenom-dækkende associationsstudie inden for uddannelsesforskningeQTL-analyseF-statistikker (FST)GCTAGen-sætsanrigelsesanalyse (GSEA)Genomdækkende associationsstudie (GWAS)Genomstudie i uddannelsesforskningHi-C AnalyseHKA-testHMMER-profilsøgningHomologymodelleringIBD-kortlægningLD Blok-analyseMaskinlæringsassisteret ChIP-seq peak callingMachine Learning-Assisteret Analyse af KopiantalsvariationerMaskinlæringsassisteret Epigenom-dækkende Associationsundersøgelse (ML-EWAS)Maskinlæringsassisteret eQTL-analyseMaskinlærings-assisteret gen-sæt-anrigelsesanalyseMaskinlæringsassisteret GWASMaskinlærings-assisteret metabolomik-analyseMaskinlæringsassisteret mikrobiomdiversitetsanalyseMaskinlæringsassisteret "Pathway Enrichment"-analyseMaskinlæringsassisteret fylogenetisk analyseMaskinlæringsassisteret RNA-seq-analyse af differentiel ekspressionMaskinlæringsassisteret sekvensjusteringMaskinlæringsassisteret analyse af enkeltcelle-RNA-sekventeringMaskinlærings-assisteret variantkaldMcDonald-Kreitman-testenMetabolomikanalyseMetagenomisk binningMolekylær dockingMulti-omics epigenom-bred associationsstudieMulti-omics eQTL AnalyseMulti-omics gen-sætsanrigelsesanalyseMulti-omics metabolomics analysisMulti-omics Mikrobiom DiversitetsanalyseMulti-omics-vejberigelsesanalyseMulti-omics Fylogenetisk AnalyseMulti-omisk proteomanalyseMulti-omics RNA-seq differentiel ekspressionsanalyseMulti-omics Single-Cell RNA-seq AnalyseNetværksbaseret analyse af kopitalvariansNetværksbaseret Epigenom-Wide Association Study (Network EWAS)Netværksbaseret eQTL-analyseNetværksbaseret GWASNetværksbaseret Metabolomik AnalyseNetværksbaseret analyse af mikrobiel diversitetNetværksbaseret berigelsesanalyse af signalvejeNetværksbaseret fylogenetisk analyseNetværksbaseret RNA-seq differential ekspressionsanalyseNetværksbaseret analyse af enkeltcelle RNA-seqNetværksbaseret variantkaldPathway Enrichment AnalysisFarmakofor-modelleringFylogenetisk analyseFylogenetiske Uafhængige KontrasterPolygen RisikoscorePPI-netværkstopologiProteomanalyseQSARQTL-kortlægningRNA-hastighedRNA-seq Differential ExpressionSelection Sweep (Tajima's D)SekvensjusteringPeak-kaldelse i single-cell ChIP-seqAnalyse af enkeltcelle copy number variationEnkeltcelle epigenom-dækkende associationsstudie (scEWAS)Single-cell eQTL-analyseSingle-cell Gene Set Enrichment AnalysisEnkeltcelle GWASSingle-Cell Metabolomics AnalyseAnalyse af mikrobiel diversitet på enkeltcelle-niveauSingle-cell fylogenetisk analyseSingle-cell RNA-seq AnalyseAnalyse af differentiel ekspression i enkeltcelle-RNA-seqSingle-cell sekvensjusteringSingle-cell variant callingTidsrække ChIP-seq Peak CallingTidsrækkeanalyse af kopinummervariationTidsrække Epigenom-dækkende AssociationsstudieTids-serie eQTL-analyseTidsrække-gen-sæts-anrigelsesanalyseTidsserie-metabolomikanalyse – sporing af metabolitdynamik over tidTidsrækkeanalyse af mikrobiel diversitetTidsrække-baseret pathway-anringsanalyseTids-serie fylogenetisk analyseTidsrække-proteomanalyseTidsserie RNA-seq differentiel ekspressionTidsrækkeanalyse af enkeltcelle-RNA-sekventeringTidsrække-variantkaldTransmission Disequilibrium TestVariant Calling

Mere i Signalbehandling og videnskabelige beregninger

Signalbehandling og numerik 48