Single-cell fylogenetisk analyse — Rekonstruktion af stamtræer med opløsning på enkeltcelle-niveau
Single-cell fylogenetisk analyse rekonstruerer evolutionære eller udviklingsmæssige stamtræer fra enkeltcelle-sekventeringsdata, idet den sporer, hvordan individuelle celler divergerede fra en fælles stamfader. Ved at udnytte somatiske mutationer, CRISPR-introducerede stregkoder eller kopitalændringer som nedarvelige karakteristika, kortlægger denne metode klonale relationer inden for tumorer, udviklende væv eller immunsystemer med hidtil uset cellulær opløsning.
Læs hele metoden
Log ind med en gratis konto for at læse dette afsnit.
Metodekort
Nabolaget af beslægtede metoder — vælg en knude for at udforske.
Kilder
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
Sådan citerer du denne side
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/da/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
Hvilken metode?
Stil denne metode ved siden af dens nærmeste slægtninge, og læs dem side om side — biblioteket lægger bøgerne på bordet; valget er dit.
- Analyse af kopitalvariansBioinformatik↔ sammenlign
- Fylogenetisk analyseBioinformatik↔ sammenlign
- Single-cell RNA-seq AnalyseBioinformatik↔ sammenlign
- Variant CallingBioinformatik↔ sammenlign
Har du fundet en fejl på denne side? Indberet den eller foreslå en rettelse →