Analyse af enkeltcelle copy number variation
Analyse af enkeltcelle copy number variation (scCNV) detekterer gevinster og tab af genomiske segmenter inden for individuelle celler, hvilket gør det muligt for forskere at opløse intratumoral heterogenitet, rekonstruere klonal evolution og skelne maligne fra normale celler med enkeltcelleopløsning. Det kan anvendes direkte på enkeltcelle whole-genome sequencing data eller infereres fra read-depth signaler i scRNA-seq eller scATAC-seq eksperimenter.
Læs hele metoden
Log ind med en gratis konto for at læse dette afsnit.
Metodekort
Nabolaget af beslægtede metoder — vælg en knude for at udforske.
Kilder
- Garvin, T., Aboukhalil, R., Kendall, J., Baslan, T., Atwal, G. S., Hicks, J., Wigler, M., & Schatz, M. C. (2015). Interactive analysis and assessment of single-cell copy-number variations. Nature Methods, 12(11), 1058–1060. link ↗
- Gao, R., Bai, S., Henderson, Y. C., Lin, Y., Schalck, A., Yan, Y., Kumar, T., Hu, M., Sei, E., Davis, A., Wang, F., Shaitelman, S. F., Wang, J. R., Chen, K., Moulder, S., Lai, S. Y., & Navin, N. E. (2021). Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes. Nature Biotechnology, 39(5), 599–608. link ↗
Sådan citerer du denne side
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/da/bioinformatics/single-cell-copy-number-variation-analysis
Hvilken metode?
Stil denne metode ved siden af dens nærmeste slægtninge, og læs dem side om side — biblioteket lægger bøgerne på bordet; valget er dit.
- Analyse af kopitalvariansBioinformatik↔ sammenlign
- Enkeltcelle epigenom-dækkende associationsstudie (scEWAS)Bioinformatik↔ sammenlign
- Enkeltcelle GWASBioinformatik↔ sammenlign
- Single-cell RNA-seq AnalyseBioinformatik↔ sammenlign
- Analyse af differentiel ekspression i enkeltcelle-RNA-seqBioinformatik↔ sammenlign
- Variant CallingBioinformatik↔ sammenlign
Refereret af
Har du fundet en fejl på denne side? Indberet den eller foreslå en rettelse →