Process / pipelineBioinformatics / omics

Gen-sætsanrigelsesanalyse (GSEA)

Gen-sætsanrigelsesanalyse (GSEA) er en beregningsmetode, der bestemmer, om et foruddefineret sæt af gener – som repræsenterer en biologisk vej, proces eller funktion – viser statistisk signifikante, koordinerede forskelle mellem to biologiske tilstande. I modsætning til simpel fold-ændringsfiltrering opererer GSEA på alle målte gener, rangeret efter en korrelationsmetrik, og detekterer subtile, men konsistente skift på tværs af en hel vej, selv når intet enkelt gen passerer en signifikansgrænse.

Åbn i MethodMindSnartVideoSnartHent slides

Læs hele metoden

Kun for medlemmer

Log ind med en gratis konto for at læse dette afsnit.

Log ind

Metodekort

Nabolaget af beslægtede metoder — vælg en knude for at udforske.

Gen-sætsanrigelsesanalyse (GSEA)

Multi-omics gen-sætsanri…Netværksbaseret gen-sæt-…Pathway Enrichment Analy…RNA-seq Differential Exp…Single-cell RNA-seq Anal…Bayesiansk gen-sæt-berig…Bayesiansk Mikrobiel Div…Bayesiansk Pathway Berig…Bayesiansk RNA-seq Diffe…Differential ChIP-seq Pe…

+27 mere

Kilder

Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
Mootha, V. K., Lindgren, C. M., Eriksson, K. F., Subramanian, A., Sihag, S., Lehar, J., Puigserver, P., Carlsson, E., Ridderstrale, M., Laurila, E., Houstis, N., Daly, M. J., Patterson, N., Mesirov, J. P., Golub, T. R., Tamayo, P., Spiegelman, B., Lander, E. S., Hirschhorn, J. N., Altshuler, D., & Groop, L. C. (2003). PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nature Genetics, 34(3), 267–273. DOI: 10.1038/ng1180 ↗

Sådan citerer du denne side

ScholarGate. (2026, June 3). Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/da/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis

Hvilken metode?

Stil denne metode ved siden af dens nærmeste slægtninge, og læs dem side om side — biblioteket lægger bøgerne på bordet; valget er dit.

Multi-omics gen-sætsanrigelsesanalyseBioinformatik↔ sammenlign
Netværksbaseret gen-sæt-berigelsesanalyseBioinformatik↔ sammenlign
Pathway Enrichment AnalysisBioinformatik↔ sammenlign
RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ sammenlign
Single-cell RNA-seq AnalyseBioinformatik↔ sammenlign

Sammenlign side om side →

Refereret af

Bayesiansk gen-sæt-berigelsesanalyse (Bayesian GSEA)Bayesiansk Mikrobiel Diversitetsanalyse Bayesiansk Pathway Berigelsesanalyse Bayesiansk RNA-seq Differential Expression Differential ChIP-seq Peak Calling Differential Pathway Enrichment Analysis eQTL-analyse Maskinlærings-assisteret gen-sæt-anrigelsesanalyse Maskinlæringsassisteret "Pathway Enrichment"-analyse Maskinlæringsassisteret RNA-seq-analyse af differentiel ekspression Maskinlæringsassisteret analyse af enkeltcelle-RNA-sekventering Metabolomikanalyse Multi-omics gen-sætsanrigelsesanalyse Multi-omics metabolomics analysis Multi-omics Mikrobiom Diversitetsanalyse Multi-omics-vejberigelsesanalyse Multi-omisk proteomanalyse Multi-omics RNA-seq differentiel ekspressionsanalyse Multi-omics Single-Cell RNA-seq Analyse Netværksbaseret analyse af kopitalvarians Netværksbaseret gen-sæt-berigelsesanalyse Netværksbaseret GWAS Netværksbaseret Metabolomik Analyse Netværksbaseret analyse af mikrobiel diversitet Netværksbaseret berigelsesanalyse af signalveje Netværksbaseret RNA-seq differential ekspressionsanalyse Netværksbaseret analyse af enkeltcelle RNA-seq Pathway Enrichment Analysis Proteomanalyse RNA-seq Differential Expression Single-cell Gene Set Enrichment Analysis Single-cell RNA-seq Analyse Analyse af differentiel ekspression i enkeltcelle-RNA-seq Tidsrække-gen-sæts-anrigelsesanalyse Tidsrække-baseret pathway-anringsanalyse Tidsserie RNA-seq differentiel ekspression Tidsrækkeanalyse af enkeltcelle-RNA-sekventering

Har du fundet en fejl på denne side? Indberet den eller foreslå en rettelse →