Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling

ChIP-seq peak calling er en beregningsmæssig pipeline, der identificerer genomiske regioner, hvor et protein af interesse — en transkriptionsfaktor eller histonmodifikation — er beriget, baseret på sekvenseringsreads fra kromatinimmunpræcipitationseksperimenter. Den konverterer rå sekvenseringsdata til et sæt af høj-konfidens bindings- eller modifikationssteder på tværs af genomet, hvilket muliggør downstream-analyse af genregulering, kromatin-tilstand og epigenetiske mekanismer.

Åbn i MethodMindSnartVideoSnartHent slides

Læs hele metoden

Kun for medlemmer

Log ind med en gratis konto for at læse dette afsnit.

Log ind

Metodekort

Nabolaget af beslægtede metoder — vælg en knude for at udforske.

ChIP-seq Peak Calling

ATAC-seq Analyse Epigenom-dækkende associ…RNA-seq Differential Exp…Sekvensjustering Single-cell RNA-seq Anal…Variant Calling Bayesiansk ChIP-seq Peak…Differential ChIP-seq Pe…Differential Epigenome-W…Maskinlæringsassisteret…

+3 mere

Kilder

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Sådan citerer du denne side

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/da/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Hvilken metode?

Stil denne metode ved siden af dens nærmeste slægtninge, og læs dem side om side — biblioteket lægger bøgerne på bordet; valget er dit.

ATAC-seq AnalyseGenetik↔ sammenlign
Epigenom-dækkende associationsstudie (EWAS)Bioinformatik↔ sammenlign
RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ sammenlign
SekvensjusteringBioinformatik↔ sammenlign
Single-cell RNA-seq AnalyseBioinformatik↔ sammenlign
Variant CallingBioinformatik↔ sammenlign

Sammenlign side om side →

Refereret af

Bayesiansk ChIP-seq Peak Calling Differential ChIP-seq Peak Calling Differential Epigenome-Wide Association Study Epigenom-dækkende associationsstudie (EWAS)Maskinlæringsassisteret ChIP-seq peak calling Multi-omics Single-Cell RNA-seq Analyse RNA-seq Differential Expression Sekvensjustering Peak-kaldelse i single-cell ChIP-seq Tidsrække ChIP-seq Peak Calling

Har du fundet en fejl på denne side? Indberet den eller foreslå en rettelse →