Single-cell Gene Set Enrichment Analysis — scGSEA
Single-cell gene set enrichment analysis (scGSEA) udvider klassisk bulk GSEA til den enkelte celles opløsning. I stedet for at teste, om et gen-sæt er beriget i en sammenligning på prøveniveau, tildeler scGSEA en berigelses- eller aktivitets-score til hver celle, hvilket gør det muligt for forskere at kortlægge pathway-aktivitet på tværs af heterogene cellepopulationer, cellestater og udviklingsmæssige trajektorier, der er fanget i single-cell RNA-seq data.
Læs hele metoden
Log ind med en gratis konto for at læse dette afsnit.
Metodekort
Nabolaget af beslægtede metoder — vælg en knude for at udforske.
Kilder
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Sådan citerer du denne side
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/da/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Hvilken metode?
Stil denne metode ved siden af dens nærmeste slægtninge, og læs dem side om side — biblioteket lægger bøgerne på bordet; valget er dit.
- Gen-sætsanrigelsesanalyse (GSEA)Bioinformatik↔ sammenlign
- Pathway Enrichment AnalysisBioinformatik↔ sammenlign
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ sammenlign
- Single-cell RNA-seq AnalyseBioinformatik↔ sammenlign
- Analyse af differentiel ekspression i enkeltcelle-RNA-seqBioinformatik↔ sammenlign
Refereret af
Similar methods
Har du fundet en fejl på denne side? Indberet den eller foreslå en rettelse →