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Analisi di AdmixtureAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, Stephe Ricostruzione dello Stato AncestraleAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns of Analisi ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and c ChIP-seq Peak CallingChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Teoria coalescenteCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John Kingma Analisi delle Variazioni del Numero di CopieCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Percorso di lettura

I metodi fondamentali più citati di questo argomento, nell'ordine in cui sono stati sviluppati — un punto di partenza se sei alle prime armi.

Analisi delle Variazioni del Numero di Copie1998–2006di Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
Analisi di Arricchimento dei Percorsi2003–2005di Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
Analisi di Arricchimento di Insiemi di Geni (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)di Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
Studio di associazione sull'intero genoma (GWAS)2005–2007di Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
Studio di Associazione a Livello di Epigenoma (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)di Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
RNA-seq Differential Expression2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)di Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
Analisi RNA-seq a singola cellula2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016di Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
Variant Calling2009–2010 (modern high-throughput era)di Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)

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Analisi di Admixture Ricostruzione dello Stato Ancestrale Analisi ATAC-seq ChIP-seq Peak Calling Teoria coalescente Analisi delle Variazioni del Numero di Copie Analisi di screening CRISPR Ricostruzione in crio-EM Assemblaggio de novo del trascrittoma Chiamata differenziale dei picchi ChIP-seq Analisi Differenziale delle Variazioni del Numero di Copie Epigenome-Wide Association Study Differenziale Analisi Differenziale degli eQTL Analisi Differenziale di Metabolomica Analisi differenziale di arricchimento di pathway Analisi Proteomica Differenziale Analisi differenziale di RNA-seq a singola cellula Chiamata Differenziale di Varianti Studio di Associazione a Livello di Epigenoma (EWAS)Studio di associazione a livello epigenomico nella ricerca educativa Analisi eQTL Statistiche F (FST)GCTA Analisi di Arricchimento di Insiemi di Geni (GSEA)Studio di associazione sull'intero genoma (GWAS)Studio di Associazione Genome-Wide nella Ricerca Educativa Analisi Hi-C Test HKA Ricerca di profili HMMER Modellistica per omologia Mappatura IBD Analisi dei blocchi di LD Chiamata dei picchi ChIP-seq assistita da Machine Learning Analisi delle variazioni del numero di copie assistita da machine learning Studio di associazione su tutto l'epigenoma assistito da ML (ML-EWAS)Analisi eQTL assistita da Machine Learning Analisi di arricchimento di insiemi genici assistita da machine learning GWAS assistita da Machine Learning Analisi Metabolomica Assistita da Machine Learning Analisi della diversità del microbioma assistita da Machine Learning Analisi di arricchimento di pathway assistita da apprendimento automatico Analisi filogenetica assistita da machine learning Analisi dell'espressione differenziale RNA-seq assistita da Machine Learning Allineamento di sequenze assistito da apprendimento automatico Analisi di RNA-seq a singola cellula assistita da machine learning Chiamata di varianti assistita da machine learning Test di McDonald-Kreitman Analisi Metabolomica Binning metagenomico Docking Molecolare Studio di Associazione Epigenoma-Ampio Multi-Omico Analisi eQTL Multi-omica Analisi di Arricchimento di Set di Geni Multi-Omici Analisi multi-omica della metabolomica Analisi della Diversità del Microbioma Multi-Omica Analisi di arricchimento di pathway multi-omici Analisi Filogenetica Multi-Omica Analisi proteomica multi-omica Analisi dell'espressione differenziale multi-omica RNA-seq Analisi Multi-omica Single-Cell RNA-seq Analisi basata su rete della variazione del numero di copie Epigenome-Wide Association Study (EWAS) basata su reti (Network EWAS)Analisi eQTL basata su reti GWAS basato su reti Analisi Metabolomica Basata su Reti Analisi della Diversità del Microbioma Basata su Reti Analisi di arricchimento di pathway basata su reti Analisi Filogenetica Basata su Reti Analisi dell'espressione differenziale basata su reti per RNA-seq Analisi di RNA-seq a singola cellula basata su network Chiamata di varianti basata su rete Analisi di Arricchimento dei Percorsi Modellizzazione del Farmacoforo Analisi Filogenetica Contrasti Filogenetici Indipendenti Punteggio di Rischio Poligenico Topologia della Rete PPI Analisi Proteomica QSAR Mappatura dei QTL RNA Velocity RNA-seq Differential Expression Sweep di Selezione (D di Tajima)Allineamento di Sequenze Chiamata dei picchi ChIP-seq a singola cellula Analisi delle variazioni del numero di copie a livello di singola cellula Studio di associazione sull'epigenoma su singola cellula (scEWAS)Analisi eQTL a Singola Cellula Single-cell Gene Set Enrichment Analysis GWAS su singola cellula Analisi Metabolomica a Singola Cellula Analisi della Diversità del Microbioma a Singola Cella Analisi Filogenetica a Singola Cellula Analisi RNA-seq a singola cellula Analisi dell'espressione differenziale di RNA-seq a singola cellula Allineamento di sequenze a singola cellula Chiamata di varianti a singola cellula ChIP-seq per serie temporali Analisi delle Variazioni del Numero di Copie nella Serie Temporale Studio Epigenomico in Serie Temporali Analisi eQTL Time-Series Analisi di Arricchimento di Set di Geni in Serie Temporali Analisi Metabolomica Serie Temporale Analisi della diversità del microbioma in serie temporali Analisi di Arricchimento di Percorsi Temporali Analisi Filogenetica di Serie Temporali Analisi Proteomica di Serie Temporali Espressione Differenziale RNA-seq in Serie Temporale Analisi di RNA-seq unicellulare di serie temporali Chiamata di Varianti in Serie Temporali Test di Disequilibrio di Trasmissione Variant Calling

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