Assemblaggio de novo del trascrittoma
L'assemblaggio de novo del trascrittoma ricostruisce sequenze complete di RNA messaggero direttamente da letture di sequenziamento senza richiedere un genoma di riferimento. Pioniere di Regev, Haas e colleghi, questa pipeline consente la scoperta di trascritti in organismi non modello e il rilevamento di isoforme, geni di fusione e varianti di splicing nuove.
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Fonti
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
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