Allineamento di sequenze a singola cellula — Mappatura delle letture scRNA-seq
L'allineamento di sequenze a singola cellula è il passaggio computazionale che mappa milioni di brevi letture di sequenziamento prodotte da esperimenti di RNA-seq a singola cellula a un genoma o trascrittoma di riferimento. A differenza dell'allineamento di RNA-seq bulk, ogni lettura porta un barcode cellulare e un Identificatore Molecolare Unico (UMI) che insieme identificano la cellula di origine e la singola molecola di RNA. Un allineamento accurato e un demultiplexing dei barcode sono prerequisiti per costruire la matrice di conteggi cellula-gene che guida tutte le analisi downstream a singola cellula.
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Fonti
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
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