Analisi di Arricchimento di Set di Geni in Serie Temporali — Arricchimento Dinamico di Percorsi a Punti Temporali
L'analisi di arricchimento di set di geni in serie temporali (TS-GSEA) estende il quadro classico della GSEA per rilevare set di geni biologicamente coordinati — percorsi, termini di ontologia genica o firme curate — la cui espressione collettiva cambia in modo significativo nel tempo. Piuttosto che confrontare due istantanee, modella l'intera traiettoria temporale dell'espressione genica per identificare quali programmi funzionali vengono attivati, soppressi o rimodellati dinamicamente durante un processo biologico come lo sviluppo, la risposta al trattamento o la progressione della malattia.
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Fonti
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
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- Analisi di Arricchimento di Insiemi di Geni (GSEA)Bioinformatica↔ confronta
- Analisi di Arricchimento di Set di Geni Multi-OmiciBioinformatica↔ confronta
- Analisi di Arricchimento dei PercorsiBioinformatica↔ confronta
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatica↔ confronta
- Analisi RNA-seq a singola cellulaBioinformatica↔ confronta
- Espressione Differenziale RNA-seq in Serie TemporaleBioinformatica↔ confronta
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