Single-cell Gene Set Enrichment Analysis — scGSEA
L'analisi di arricchimento di insiemi di geni per singola cellula (scGSEA) estende la classica GSEA su campioni bulk alla risoluzione della singola cellula. Invece di verificare se un insieme di geni è arricchito in un confronto a livello di campione, scGSEA assegna un punteggio di arricchimento o attività a ciascuna cellula, consentendo ai ricercatori di mappare l'attività dei pathway attraverso popolazioni cellulari eterogenee, stati cellulari e traiettorie di sviluppo catturate nei dati di RNA-seq per singola cellula.
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Fonti
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
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- Analisi di Arricchimento di Insiemi di Geni (GSEA)Bioinformatica↔ confronta
- Analisi di Arricchimento dei PercorsiBioinformatica↔ confronta
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatica↔ confronta
- Analisi RNA-seq a singola cellulaBioinformatica↔ confronta
- Analisi dell'espressione differenziale di RNA-seq a singola cellulaBioinformatica↔ confronta
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