Analisi di arricchimento di pathway basata su reti
L'analisi di arricchimento di pathway basata su reti integra reti di interazione molecolare — interazioni proteina-proteina, grafi di segnalazione o reti di regolazione genica — con misurazioni omiche per identificare pathway biologici che sono alterati in modo coordinato in una determinata condizione. A differenza degli approcci classici di sovrarappresentazione o di arricchimento di set di geni che trattano i geni dei pathway come liste indipendenti, questa famiglia di metodi propaga segnali attraverso i bordi della rete, catturando la topologia delle interazioni e scoprendo moduli disregolati che l'arricchimento basato su liste piatte non riuscirebbe a identificare.
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Fonti
- Ideker, T., Ozier, O., Schwikowski, B., & Siegel, A. F. (2002). Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks. Bioinformatics, 18(suppl_1), S233–S240. link ↗
- Vaske, C. J., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Earl, D., Szeto, C., Zhu, J., Haussler, D., & Stuart, J. M. (2010). Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM. Bioinformatics, 26(12), i237–i245. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq182 ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Pathway Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/network-based-pathway-enrichment-analysis
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