Binning metagenomico
Il binning metagenomico partiziona i contig assemblati da comunità microbiche complesse in distinti genomi (genome bins), ciascuno rappresentante un singolo organismo o ceppo. Pioniere Banfield e colleghi, questa pipeline isola genomi di singoli organismi (genomi assemblati da metagenoma o MAGs) da campioni ambientali senza richiedere colture isolate.
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Fonti
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/metagenomic-binning
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