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Análisis de AdmixtureAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheReconstrucción de Estados AncestralesAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofAnálisis de ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cLlamada de picos ChIP-seqChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Teoría coalescenteCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaAnálisis de Variación del Número de CopiasCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Ruta de lectura

Los métodos fundacionales más referenciados de este tema, en el orden en que se desarrollaron: un punto de partida si eres nuevo aquí.

  1. Análisis de Variación del Número de Copias1998–2006por Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Análisis de Enriquecimiento de Vías2003–2005por Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Análisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)por Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Estudio de Asociación del Genoma Completo (GWAS)2005–2007por Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Estudio de Asociación a Nivel de Epigenoma (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)por Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. Expresión Diferencial de RNA-seq2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)por Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Análisis de scRNA-seq2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016por Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Llamada de variantes2009–2010 (modern high-throughput era)por Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
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Análisis de AdmixtureReconstrucción de Estados AncestralesAnálisis de ATAC-seqLlamada de picos ChIP-seqTeoría coalescenteAnálisis de Variación del Número de CopiasAnálisis de cribado CRISPRReconstrucción por crio-microscopía electrónicaEnsamblaje de Transcritoma De NovoLlamada de picos diferencial de ChIP-seqAnálisis diferencial de variaciones del número de copiasEstudio de Asociación Epigenómica Diferencial de todo el GenomaAnálisis diferencial de eQTLAnálisis de Metabolómica DiferencialAnálisis diferencial de enriquecimiento de víasAnálisis de Proteómica DiferencialAnálisis Diferencial de scRNA-seqIdentificación Diferencial de VariantesEstudio de Asociación a Nivel de Epigenoma (EWAS)Estudio de Asociación a Nivel de Epigenoma en Investigación EducativaAnálisis de eQTLEstadísticas F (FST)GCTAAnálisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes (GSEA)Estudio de Asociación del Genoma Completo (GWAS)Estudio de Asociación del Genoma Completo en Investigación EducativaAnálisis de Hi-CPrueba HKABúsqueda de Perfiles HMMERModelado por HomologíaMapeo por IBDAnálisis de bloques de LDDetección de picos asistida por aprendizaje automático en ChIP-seqAnálisis de variaciones del número de copias asistido por aprendizaje automáticoEstudio de Asociación de Epigenoma Completo Asistido por ML (ML-EWAS)Análisis de eQTL Asistido por Aprendizaje AutomáticoMachine learning-assisted gene set enrichment analysisEstudios de Asociación del Genoma Completo Asistidos por Aprendizaje AutomáticoAnálisis metabolómico asistido por aprendizaje automáticoAnálisis de diversidad del microbioma asistido por aprendizaje automáticoAnálisis de Enriquecimiento de Vías Asistido por Aprendizaje AutomáticoAnálisis Filogenético Asistido por Aprendizaje AutomáticoAnálisis de Expresión Diferencial de RNA-seq Asistido por Aprendizaje AutomáticoAlineación de secuencias asistida por aprendizaje automáticoAnálisis de ARN unicelular asistido por aprendizaje automáticoLlamada de variantes asistida por aprendizaje automáticoTest de McDonald-KreitmanAnálisis de MetabolómicaAgrupación MetagenómicaAcoplamiento molecularEstudio de Asociación del Epigenoma Completo Multi-ómicoAnálisis Multi-ómico de eQTLAnálisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes Multi-ómicoAnálisis Multi-ómico de MetabolómicaAnálisis de Diversidad del Microbioma Multi-ómicoAnálisis de Enriquecimiento de Vías Multi-ómicasAnálisis Filogenético Multi-ómicoAnálisis multiómico de proteómicaAnálisis de Expresión Diferencial de ARN-seq Multi-ómicoAnálisis multiómico de ARN de célula únicaAnálisis de Variación del Número de Copias Basado en RedesEstudio de Asociación a Nivel de Epigenoma Basado en Redes (EWAS de Redes)Análisis de eQTL Basado en RedesGWAS basada en redesAnálisis metabolómico basado en redesAnálisis de Diversidad del Microbioma Basado en RedesAnálisis de Enriquecimiento de Vías Basado en RedesAnálisis Filogenético Basado en RedesAnálisis de Expresión Diferencial de RNA-seq Basado en RedesAnálisis de ARN-seq de célula única basado en redesLlamada de variantes basada en redAnálisis de Enriquecimiento de VíasModelado de farmacóforosAnálisis FilogenéticoContrastes Filogenéticos IndependientesPuntuación de Riesgo PoligénicoTopología de Redes de Interacción Proteína-Proteína (PPI)Análisis de ProteómicaQSARMapeo de QTLVelocidad del ARNExpresión Diferencial de RNA-seqBarrido de selección (D de Tajima)Alineación de SecuenciasLlamada de picos en ChIP-seq de célula únicaAnálisis de variación del número de copias en células individualesEstudio de asociación del genoma completo de epigenoma de célula única (scEWAS)Análisis de eQTLs de célula únicaAnálisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes a Nivel de Célula ÚnicaGWAS unicelularAnálisis de Metabolómica de Célula ÚnicaAnálisis de la Diversidad del Microbioma de Célula ÚnicaAnálisis Filogenético de Célula ÚnicaAnálisis de scRNA-seqAnálisis de Expresión Diferencial de ARN-seq de Célula ÚnicaAlineamiento de Secuencias de Célula ÚnicaAnálisis de variantes a nivel de célula únicaIdentificación de picos de ChIP-seq en series temporalesAnálisis de Variación del Número de Copias en Series TemporalesEstudio de Asociación de Epigenoma Completo en Series TemporalesAnálisis de series temporales de eQTLAnálisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes en Series TemporalesAnálisis de metabolómica de series temporalesAnálisis de Diversidad del Microbioma en Series TemporalesAnálisis de Enriquecimiento de Vías de Series TemporalesAnálisis Filogenético de Series TemporalesAnálisis de Proteómica de Series TemporalesExpresión Diferencial de RNA-seq de Series TemporalesAnálisis de ARN-seq unicelular de series temporalesLlamada de variantes en series temporalesPrueba de Desequilibrio de TransmisiónLlamada de variantes

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