Análisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes en Series Temporales — Enriquecimiento Dinámico de Vías a Través de Puntos Temporales
El análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes en series temporales (TS-GSEA, por sus siglas en inglés) extiende el marco clásico de GSEA para detectar conjuntos de genes biológicamente coordinados — vías, términos de ontología génica o firmas curadas — cuya expresión colectiva cambia significativamente a lo largo del tiempo. En lugar de comparar dos instantáneas, modela la trayectoria temporal completa de la expresión génica para identificar qué programas funcionales se activan, suprimen o remodelan dinámicamente durante un proceso biológico como el desarrollo, la respuesta al tratamiento o la progresión de la enfermedad.
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Fuentes
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/es/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
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