Llamada de picos ChIP-seq — Llamada de picos de secuenciación por inmunoprecipitación de cromatina
La llamada de picos ChIP-seq es un flujo de trabajo computacional que identifica regiones genómicas donde una proteína de interés —un factor de transcripción o una modificación de histonas— está enriquecida, basándose en lecturas de secuenciación de experimentos de inmunoprecipitación de cromatina. Convierte datos brutos de secuenciación en un conjunto de sitios de unión o modificación de alta confianza en todo el genoma, permitiendo el análisis posterior de la regulación génica, el estado de la cromatina y los mecanismos epigenéticos.
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Fuentes
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/es/bioinformatics/chip-seq-peak-calling
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