Yapay Zekâ

112 — metody w tej rodzinie.

Wyróżnione

Analiza domieszekAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, Stephe Rekonstrukcja Stanów PrzodkówAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns of Analiza ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and c ChIP-seq Peak CallingChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Teoria koalescencjiCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John Kingma Analiza zmienności liczby kopiiCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Ścieżka lektury

Najczęściej przywoływane metody fundamentalne dla tego tematu, w kolejności ich powstawania — dobry punkt wyjścia, jeśli zaczynasz tu przygodę.

Analiza zmienności liczby kopii1998–2006autorstwa Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
Analiza wzbogacenia szlaków2003–2005autorstwa Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)autorstwa Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS)2005–2007autorstwa Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
Badanie asocjacyjne epigenomu (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)autorstwa Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
Analiza ekspresji różnicowej RNA-seq2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)autorstwa Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
Analiza scRNA-seq pojedynczych komórek2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016autorstwa Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
Warianty2009–2010 (modern high-throughput era)autorstwa Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)

wszystkie metody na tej półce ↓

Wszystkie metody 112

Analiza domieszek Rekonstrukcja Stanów Przodków Analiza ATAC-seq ChIP-seq Peak Calling Teoria koalescencji Analiza zmienności liczby kopii Analiza przesiewowa CRISPR Rekonstrukcja w kriogenicznej mikroskopii elektronowej De Novo Transcriptome Assembly Identyfikacja różnic w pikach ChIP-seq Różnicowa analiza zmienności liczby kopii Badanie różnicowe całego epigenomu (Differential EWAS)Analiza różnicowa eQTL Analiza Różnicowa Metabolomiki Analiza wzbogacenia szlaków różnicowych Analiza Proteomiczna Różnicowa Różnicowa analiza danych RNA-seq z pojedynczych komórek Różnicowe wywoływanie wariantów Badanie asocjacyjne epigenomu (EWAS)Badanie asocjacyjne na poziomie epigenomu w badaniach edukacyjnych Analiza eQTL Statystyki F (FST)GCTA Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS)Ogólnogenomowe badanie asocjacyjne w badaniach edukacyjnych Analiza Hi-C Test HKA Wyszukiwanie profili HMMER Modelowanie homologiczne Mapowanie IBD Analiza bloków nierównowagi sprzężeń (LD)ChIP-seq peak calling wspomagany uczeniem maszynowym Analiza zmienności liczby kopii wspomagana uczeniem maszynowym Epigenomowe badanie asocjacyjne wspomagane uczeniem maszynowym (ML-EWAS)Analiza eQTL wspomagana uczeniem maszynowym Analiza wzbogacenia zbiorów genów wspomagana uczeniem maszynowym GWAS wspomagany uczeniem maszynowym Analiza metabolomiki wspomagana uczeniem maszynowym Analiza różnorodności mikrobiomu wspomagana uczeniem maszynowym Analiza wzbogacania szlaków wspomagana uczeniem maszynowym Analiza filogenetyczna wspomagana uczeniem maszynowym Analiza ekspresji różnicowej RNA-seq wspomagana uczeniem maszynowym Uczenie maszynowe wspomagające wyrównywanie sekwencji Machine learning-assisted single-cell RNA-seq analysis Wykrywanie wariantów genomowych wspomagane uczeniem maszynowym Test McDonalda-Kreitmana Analiza metabolomiczna Binning metagenomiczny Modelowanie molekularne Badanie asocjacyjne multi-omioiczne całego epigenomu Analiza wieloomikowa eQTL Wieloomikowa analiza wzbogacenia zestawów genów Analiza multi-omiczna metabolomiki Analiza różnorodności mikrobiomu multi-omiczna Analiza wieloomikowa wzbogacenia szlaków Wielo-omikowa analiza filogenetyczna Analiza proteomiczna multi-omiczna Wieloomikowa analiza ekspresji różnicowej RNA-seq Analiza wieloomowa RNA-seq pojedynczych komórek Analiza sieciowa zmienności liczby kopii Sieciowe Epigenomowe Badanie Asocjacyjne (Network EWAS)Analiza eQTL oparta na sieciach GWAS oparty na sieciach Sieciowa analiza metabolomiczna Analiza różnorodności mikrobiomu oparta na sieciach Sieciowa analiza wzbogacenia szlaków Analiza filogenetyczna oparta na sieciach Sieciowa analiza ekspresji różnicowej RNA-seq Sieciowa analiza danych sekwencjonowania RNA pojedynczych komórek Sieciowe wywoływanie wariantów Analiza wzbogacenia szlaków Modelowanie farmakoforowe Analiza filogenetyczna Kontrasty Niezależne Filogenetycznie Wynik poligeniczny (Polygenic Risk Score, PRS)Topologia sieci PPI Analiza proteomiczna QSAR Mapowanie QTL Szybkość RNA Analiza ekspresji różnicowej RNA-seq Wybór (D Tajimy)Dopasowanie sekwencji Nazywanie pików w danych ChIP-seq z pojedynczych komórek Analiza zmienności liczby kopii w pojedynczych komórkach Badanie asocjacyjne epigenomu w pojedynczych komórkach (scEWAS)Analiza eQTL pojedynczych komórek Analiza wzbogacenia zestawów genów w pojedynczych komórkach Single-cell GWAS Analiza metabolomiki pojedynczych komórek Analiza różnorodności mikrobiomu pojedynczych komórek Analiza filogenetyczna pojedynczych komórek Analiza scRNA-seq pojedynczych komórek Single-cell RNA-seq differential expression Sekwencjonowanie pojedynczych komórek Wykrywanie wariantów na poziomie pojedynczych komórek Wykrywanie pików ChIP-seq w szeregach czasowych Analiza zmienności liczby kopii w szeregach czasowych Time-series Epigenome-wide Association Study Analiza eQTL w czasie Analiza wzbogacenia zbiorów genów w szeregach czasowych Analiza metabolomiki w szeregach czasowych Analiza różnorodności mikrobiomu w szeregach czasowych Analiza wzbogacania szlaków czasowych Analiza filogenetyczna szeregów czasowych Analiza proteomiczna szeregów czasowych Analiza ekspresji różnicowej transkryptomu RNA-seq w szeregach czasowych Analiza szeregów czasowych RNA-seq pojedynczych komórek Wariantowe wywoływanie szeregów czasowych Test nierównowagi transmisji Warianty

Więcej w grupie Nauki o życiu

İstatistik 21 Karar Bilimleri 7 Ölçme & Psikometri 122 Nedensellik & Kanıt 1