Analiza szeregów czasowych RNA-seq pojedynczych komórek — transkryptomika czasowa w rozdzielczości pojedynczej komórki
Analiza szeregów czasowych RNA-seq pojedynczych komórek (single-cell RNA-seq, scRNA-seq) pozwala na uchwycenie ekspresji genów w wielu punktach czasowych z rozdzielczością pojedynczej komórki, aby ujawnić, w jaki sposób populacje komórek powstają, przechodzą transformacje i różnicują się podczas dynamicznych procesów biologicznych, takich jak rozwój, różnicowanie czy progresja choroby. Łącząc porządkowanie pseudoczasowe (pseudotime ordering), prędkość RNA (RNA velocity) i testowanie dynamiki różnicowej, badacze rekonstruują trajektorię czasową poszczególnych komórek i identyfikują zmiany regulacji genów, które napędzają przejścia biologiczne.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Mapa metod
Sąsiedztwo pokrewnych metod — wybierz węzeł, aby je zgłębić.
Źródła
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
- La Manno, G., Soldatov, R., Zeisel, A., Braun, E., Hochgerner, H., Petukhov, V., Lidschreiber, K., Kastriti, M. E., Lonnerberg, P., Furlan, A., Fan, J., Borm, L. E., Liu, Z., van Bruggen, D., Guo, J., He, X., Linnarsson, S., & Kharchenko, P. V. (2018). RNA velocity of single cells. Nature, 560(7719), 494-498. DOI: 10.1038/s41586-018-0414-6 ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Single-Cell RNA Sequencing Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/time-series-single-cell-rna-seq-analysis
Która metoda?
Zestaw tę metodę z najbliższymi jej krewnymi i czytaj je obok siebie — biblioteka kładzie księgi na stole; wybór należy do Ciebie.
- Analiza zmienności liczby kopiiBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza eQTLBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Bioinformatyka↔ porównaj
- Analiza wzbogacenia szlakówBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza ekspresji różnicowej RNA-seqBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza scRNA-seq pojedynczych komórekBioinformatyka↔ porównaj
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →