Analiza wzbogacenia zestawów genów w pojedynczych komórkach — scGSEA
Analiza wzbogacenia zestawów genów w pojedynczych komórkach (scGSEA) rozszerza klasyczną analizę GSEA dla danych zbiorczych na rozdzielczość pojedynczych komórek. Zamiast testować, czy zestaw genów jest wzbogacony w porównaniu na poziomie próbki, scGSEA przypisuje każdemu genowi wynik wzbogacenia lub aktywności, umożliwiając badaczom mapowanie aktywności szlaków w heterogenicznych populacjach komórek, stanach komórkowych i trajektoriach rozwojowych uchwyconych w danych sekwencjonowania RNA pojedynczych komórek.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Mapa metod
Sąsiedztwo pokrewnych metod — wybierz węzeł, aby je zgłębić.
Źródła
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Która metoda?
Zestaw tę metodę z najbliższymi jej krewnymi i czytaj je obok siebie — biblioteka kładzie księgi na stole; wybór należy do Ciebie.
- Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Bioinformatyka↔ porównaj
- Analiza wzbogacenia szlakówBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza ekspresji różnicowej RNA-seqBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza scRNA-seq pojedynczych komórekBioinformatyka↔ porównaj
- Single-cell RNA-seq differential expressionBioinformatyka↔ porównaj
Cytowana przez
Similar methods
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →