Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling

ChIP-seq peak calling to jest potok obliczeniowy identyfikujący regiony genomowe, w których wzbogacony jest interesujący białko — czynnik transkrypcyjny lub modyfikacja histonowa — na podstawie odczytów sekwencjonowania z eksperymentów immunoprecypitacji chromatyny. Konwertuje surowe dane sekwencjonowania na zbiór wiarygodnych miejsc wiązania lub modyfikacji w całym genomie, umożliwiając analizę regulacji genów, stanu chromatyny i mechanizmów epigenetycznych.

Otwórz w MethodMindWkrótceWideoWkrótceDownload slides

Przeczytaj pełny opis metody

Tylko dla członków

Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.

Zaloguj się

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

ChIP-seq Peak Calling

Analiza ATAC-seq Badanie asocjacyjne epig…Analiza ekspresji różnic…Dopasowanie sekwencji Analiza scRNA-seq pojedy…Warianty Bayesowskie wywoływanie…Identyfikacja różnic w p…Badanie różnicowe całego…ChIP-seq peak calling ws…

+3 more

Źródła

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Jak cytować tę stronę

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Analiza ATAC-seqGenetyka↔ compare
Badanie asocjacyjne epigenomu (EWAS)Bioinformatyka↔ compare
Analiza ekspresji różnicowej RNA-seqBioinformatyka↔ compare
Dopasowanie sekwencjiBioinformatyka↔ compare
Analiza scRNA-seq pojedynczych komórekBioinformatyka↔ compare
WariantyBioinformatyka↔ compare

Compare side by side →

Cytowana przez

Bayesowskie wywoływanie pików ChIP-seq Identyfikacja różnic w pikach ChIP-seq Badanie różnicowe całego epigenomu (Differential EWAS)Badanie asocjacyjne epigenomu (EWAS)ChIP-seq peak calling wspomagany uczeniem maszynowym Analiza wieloomowa RNA-seq pojedynczych komórek Analiza ekspresji różnicowej RNA-seq Dopasowanie sekwencji Nazywanie pików w danych ChIP-seq z pojedynczych komórek Wykrywanie pików ChIP-seq w szeregach czasowych

Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →