Sieciowa analiza wzbogacenia szlaków
Sieciowa analiza wzbogacenia szlaków integruje sieci interakcji molekularnych — interakcje białko-białko, grafy sygnalizacyjne lub sieci regulacji genów — z pomiarami omicznymi w celu identyfikacji szlaków biologicznych, które są skoordynowanie zmienione w danym stanie. W przeciwieństwie do klasycznych podejść opartych na nadreprezentacji lub wzbogaceniu zestawów genów, które traktują geny szlaków jako niezależne listy, ta rodzina metod propaguje sygnały przez krawędzie sieci, wychwytując topologię interakcji i odkrywając dysregulowane moduły, które zostałyby pominięte przez wzbogacenie płaskich list.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Źródła
- Ideker, T., Ozier, O., Schwikowski, B., & Siegel, A. F. (2002). Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks. Bioinformatics, 18(suppl_1), S233–S240. link ↗
- Vaske, C. J., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Earl, D., Szeto, C., Zhu, J., Haussler, D., & Stuart, J. M. (2010). Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM. Bioinformatics, 26(12), i237–i245. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq182 ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Pathway Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/network-based-pathway-enrichment-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Bioinformatyka↔ compare
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →