Analiza wzbogacenia zbiorów genów w szeregach czasowych — dynamiczne wzbogacenie szlaków w punktach czasowych
Analiza wzbogacenia zbiorów genów w szeregach czasowych (TS-GSEA) rozszerza klasyczne ramy GSEA w celu wykrywania skoordynowanych biologicznie zbiorów genów — szlaków, terminów ontologii genów lub kuratorowanych sygnatur — których zbiorcze zmiany ekspresji są znaczące w czasie. Zamiast porównywać dwa migawki, modeluje ona pełną trajektorię czasową ekspresji genów, aby zidentyfikować, które programy funkcjonalne są aktywowane, tłumione lub dynamicznie przekształcane podczas procesu biologicznego, takiego jak rozwój, odpowiedź na leczenie lub progresja choroby.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Mapa metod
Sąsiedztwo pokrewnych metod — wybierz węzeł, aby je zgłębić.
Źródła
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Która metoda?
Zestaw tę metodę z najbliższymi jej krewnymi i czytaj je obok siebie — biblioteka kładzie księgi na stole; wybór należy do Ciebie.
- Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Bioinformatyka↔ porównaj
- Wieloomikowa analiza wzbogacenia zestawów genówBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza wzbogacenia szlakówBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza ekspresji różnicowej RNA-seqBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza scRNA-seq pojedynczych komórekBioinformatyka↔ porównaj
- Analiza ekspresji różnicowej transkryptomu RNA-seq w szeregach czasowychBioinformatyka↔ porównaj
Similar methods
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →