De Novo Transcriptome Assembly
De novo transcriptome assembly rekonstruuje pełne sekwencje transkryptów mRNA bezpośrednio z odczytów sekwencjonowania, bez potrzeby posiadania genomu referencyjnego. Zapoczątkowana przez Regeva, Haasa i współpracowników, ta ścieżka umożliwia odkrywanie transkryptów u organizmów niebędących modelowymi oraz wykrywanie nowych izoform, genów fuzyjnych i wariantów splicingu.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Mapa metod
Sąsiedztwo pokrewnych metod — wybierz węzeł, aby je zgłębić.
Źródła
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Która metoda?
Zestaw tę metodę z najbliższymi jej krewnymi i czytaj je obok siebie — biblioteka kładzie księgi na stole; wybór należy do Ciebie.
- Analiza przesiewowa CRISPRBioinformatyka↔ porównaj
- Wyszukiwanie profili HMMERBioinformatyka↔ porównaj
- Binning metagenomicznyBioinformatyka↔ porównaj
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →