Binning metagenomiczny
Binning metagenomiczny dzieli zmontowane fragmenty (contigs) ze złożonych społeczności mikroorganizmów na odrębne grupy genomowe (bins), z których każda reprezentuje pojedynczy organizm lub szczep. Zapoczątkowana przez Banfield i współpracowników, ta procedura izoluje genomy pojedynczych organizmów (metagenomowe genomy złożone, ang. MAGs) z próbek środowiskowych bez potrzeby hodowli.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Mapa metod
Sąsiedztwo pokrewnych metod — wybierz węzeł, aby je zgłębić.
Źródła
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/metagenomic-binning
Która metoda?
Zestaw tę metodę z najbliższymi jej krewnymi i czytaj je obok siebie — biblioteka kładzie księgi na stole; wybór należy do Ciebie.
- Analiza przesiewowa CRISPRBioinformatyka↔ porównaj
- De Novo Transcriptome AssemblyBioinformatyka↔ porównaj
- Wyszukiwanie profili HMMERBioinformatyka↔ porównaj
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →