Wykrywanie wariantów na poziomie pojedynczych komórek — identyfikacja mutacji z rozdzielczością komórkową
Wykrywanie wariantów na poziomie pojedynczych komórek to potok bioinformatyczny, który identyfikuje warianty sekwencji DNA — warianty jednynukleotydowe (SNV), małe insercje i delecje oraz zmiany liczby kopii — w obrębie poszczególnych komórek, a nie w całej mieszaninie tkanki. Rozdzielając krajobraz mutacyjny komórka po komórce, ujawnia heterogeniczność wewnątrz guza, architekturę klonalną i wzorce mutacji somatycznych, które są ukrywane przez sekwencjonowanie masowe. Podejście to jest kluczowe dla genomiki nowotworów, biologii rozwoju i wszelkich badań, w których głównym pytaniem jest różnorodność genetyczna między komórkami.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Źródła
- Zafar, H., Wang, Y., Nakhleh, L., Navin, N., & Chen, K. (2016). Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells. Nature Methods, 13(6), 505–507. DOI: 10.1038/nmeth.3835 ↗
- Singer, J., Ruscheweyh, H. J., Doherr, M. G., Stadler, T., & Althaus, C. L. (2021). Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with piccolo. BMC Bioinformatics, 22(1), 333. link ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genomic Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/single-cell-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analiza zmienności liczby kopiiBioinformatyka↔ compare
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →