Sekwencjonowanie pojedynczych komórek — mapowanie odczytów scRNA-seq
Sekwencjonowanie pojedynczych komórek to etap obliczeniowy, który mapuje miliony krótkich odczytów sekwencjonowania wyprodukowanych w eksperymentach scRNA-seq z powrotem do genomu referencyjnego lub transkryptomu. W przeciwieństwie do sekwencjonowania RNA z tkanek, każdy odczyt zawiera kod komórkowy (barcode) i unikalny identyfikator cząsteczki (UMI), które razem identyfikują pochodzącą komórkę i indywidualną cząsteczkę RNA. Dokładne mapowanie i demultipleksowanie kodów komórkowych są warunkami wstępnymi do skonstruowania macierzy liczby genów na komórkę, która stanowi podstawę wszystkich analiz pojedynczych komórek.
Przeczytaj pełny opis metody
Zaloguj się na bezpłatne konto, aby przeczytać tę sekcję.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Źródła
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Jak cytować tę stronę
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/pl/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analiza ekspresji różnicowej RNA-seqBioinformatyka↔ compare
Cytowana przez
Widzisz błąd na tej stronie? Zgłoś go lub zaproponuj poprawkę →