ScholarGate
Asystent

Bioinformatyka

112 — metody w tej rodzinie.

Wyróżnione

Analiza domieszekAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheRekonstrukcja Stanów PrzodkówAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofAnaliza ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cChIP-seq Peak CallingChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Teoria koalescencjiCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaAnaliza zmienności liczby kopiiCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Ścieżka lektury

Najczęściej przywoływane metody fundamentalne dla tego tematu, w kolejności ich powstawania — dobry punkt wyjścia, jeśli zaczynasz tu przygodę.

  1. Analiza zmienności liczby kopii1998–2006autorstwa Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Analiza wzbogacenia szlaków2003–2005autorstwa Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Analiza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)autorstwa Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS)2005–2007autorstwa Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Badanie asocjacyjne epigenomu (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)autorstwa Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. Analiza ekspresji różnicowej RNA-seq2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)autorstwa Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Analiza scRNA-seq pojedynczych komórek2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016autorstwa Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Warianty2009–2010 (modern high-throughput era)autorstwa Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
wszystkie metody na tej półce ↓

Wszystkie metody 112

Analiza domieszekRekonstrukcja Stanów PrzodkówAnaliza ATAC-seqChIP-seq Peak CallingTeoria koalescencjiAnaliza zmienności liczby kopiiAnaliza przesiewowa CRISPRRekonstrukcja w kriogenicznej mikroskopii elektronowejDe Novo Transcriptome AssemblyIdentyfikacja różnic w pikach ChIP-seqRóżnicowa analiza zmienności liczby kopiiBadanie różnicowe całego epigenomu (Differential EWAS)Analiza różnicowa eQTLAnaliza Różnicowa MetabolomikiAnaliza wzbogacenia szlaków różnicowychAnaliza Proteomiczna RóżnicowaRóżnicowa analiza danych RNA-seq z pojedynczych komórekRóżnicowe wywoływanie wariantówBadanie asocjacyjne epigenomu (EWAS)Badanie asocjacyjne na poziomie epigenomu w badaniach edukacyjnychAnaliza eQTLStatystyki F (FST)GCTAAnaliza wzbogacenia zestawów genów (GSEA)Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS)Ogólnogenomowe badanie asocjacyjne w badaniach edukacyjnychAnaliza Hi-CTest HKAWyszukiwanie profili HMMERModelowanie homologiczneMapowanie IBDAnaliza bloków nierównowagi sprzężeń (LD)ChIP-seq peak calling wspomagany uczeniem maszynowymAnaliza zmienności liczby kopii wspomagana uczeniem maszynowymEpigenomowe badanie asocjacyjne wspomagane uczeniem maszynowym (ML-EWAS)Analiza eQTL wspomagana uczeniem maszynowymAnaliza wzbogacenia zbiorów genów wspomagana uczeniem maszynowymGWAS wspomagany uczeniem maszynowymAnaliza metabolomiki wspomagana uczeniem maszynowymAnaliza różnorodności mikrobiomu wspomagana uczeniem maszynowymAnaliza wzbogacania szlaków wspomagana uczeniem maszynowymAnaliza filogenetyczna wspomagana uczeniem maszynowymAnaliza ekspresji różnicowej RNA-seq wspomagana uczeniem maszynowymUczenie maszynowe wspomagające wyrównywanie sekwencjiMachine learning-assisted single-cell RNA-seq analysisWykrywanie wariantów genomowych wspomagane uczeniem maszynowymTest McDonalda-KreitmanaAnaliza metabolomicznaBinning metagenomicznyModelowanie molekularneBadanie asocjacyjne multi-omioiczne całego epigenomuAnaliza wieloomikowa eQTLWieloomikowa analiza wzbogacenia zestawów genówAnaliza multi-omiczna metabolomikiAnaliza różnorodności mikrobiomu multi-omicznaAnaliza wieloomikowa wzbogacenia szlakówWielo-omikowa analiza filogenetycznaAnaliza proteomiczna multi-omicznaWieloomikowa analiza ekspresji różnicowej RNA-seqAnaliza wieloomowa RNA-seq pojedynczych komórekAnaliza sieciowa zmienności liczby kopiiSieciowe Epigenomowe Badanie Asocjacyjne (Network EWAS)Analiza eQTL oparta na sieciachGWAS oparty na sieciachSieciowa analiza metabolomicznaAnaliza różnorodności mikrobiomu oparta na sieciachSieciowa analiza wzbogacenia szlakówAnaliza filogenetyczna oparta na sieciachSieciowa analiza ekspresji różnicowej RNA-seqSieciowa analiza danych sekwencjonowania RNA pojedynczych komórekSieciowe wywoływanie wariantówAnaliza wzbogacenia szlakówModelowanie farmakoforoweAnaliza filogenetycznaKontrasty Niezależne FilogenetycznieWynik poligeniczny (Polygenic Risk Score, PRS)Topologia sieci PPIAnaliza proteomicznaQSARMapowanie QTLSzybkość RNAAnaliza ekspresji różnicowej RNA-seqWybór (D Tajimy)Dopasowanie sekwencjiNazywanie pików w danych ChIP-seq z pojedynczych komórekAnaliza zmienności liczby kopii w pojedynczych komórkachBadanie asocjacyjne epigenomu w pojedynczych komórkach (scEWAS)Analiza eQTL pojedynczych komórekAnaliza wzbogacenia zestawów genów w pojedynczych komórkachSingle-cell GWASAnaliza metabolomiki pojedynczych komórekAnaliza różnorodności mikrobiomu pojedynczych komórekAnaliza filogenetyczna pojedynczych komórekAnaliza scRNA-seq pojedynczych komórekSingle-cell RNA-seq differential expressionSekwencjonowanie pojedynczych komórekWykrywanie wariantów na poziomie pojedynczych komórekWykrywanie pików ChIP-seq w szeregach czasowychAnaliza zmienności liczby kopii w szeregach czasowychTime-series Epigenome-wide Association StudyAnaliza eQTL w czasieAnaliza wzbogacenia zbiorów genów w szeregach czasowychAnaliza metabolomiki w szeregach czasowychAnaliza różnorodności mikrobiomu w szeregach czasowychAnaliza wzbogacania szlaków czasowychAnaliza filogenetyczna szeregów czasowychAnaliza proteomiczna szeregów czasowychAnaliza ekspresji różnicowej transkryptomu RNA-seq w szeregach czasowychAnaliza szeregów czasowych RNA-seq pojedynczych komórekWariantowe wywoływanie szeregów czasowychTest nierównowagi transmisjiWarianty

Więcej w grupie Przetwarzanie sygnałów i obliczenia naukowe

Sygnały i metody numeryczne 48