Process / pipelineBioinformatics / omics
RNA-seq 差次的発現 — トランスクリプトームDE解析
RNA-seq差次的発現（DE）解析は、2つ以上の生物学的条件間、例えば処理群対対照群、あるいは疾患組織対健常組織間で、転写産物量が統計的に有意に異なる遺伝子を同定する。生シーケンスリードから始まり、パイプラインはアライメント、カウントベース正規化、カウント分散の統計モデリング、仮説検定、多重検定補正を経て、変動係数推定値と調整済みp値が付随する差次的発現遺伝子のランキングリストを生成する。
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出典
- Love, M. I., Huber, W., & Anders, S. (2014). Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biology, 15(12), 550. DOI: 10.1186/s13059-014-0550-8 ↗
- Robinson, M. D., McCarthy, D. J., & Smyth, G. K. (2010). edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics, 26(1), 139–140. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp616 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). RNA Sequencing Differential Expression Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/rna-seq-differential-expression
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- ChIP-seqピークコーリングバイオインフォマティクス↔ compare
- 遺伝子セット濃縮解析 (GSEA)バイオインフォマティクス↔ compare
- 経路濃縮解析バイオインフォマティクス↔ compare
- シーケンスアライメントバイオインフォマティクス↔ compare
- Single-cell RNA-seq Analysisバイオインフォマティクス↔ compare
- バリアントコーリングバイオインフォマティクス↔ compare
この手法を参照する項目
ベイズeQTL解析ベイズ遺伝子セット濃縮解析ベイズ的メタボロミクス解析ベイジアンプロテオミクス解析ベイズRNA-seq差次的発現ベイズ的配列アラインメントベイズ型バリアントコーリングChIP-seqピークコーリングコピー数変異解析ChIP-seq差次的ピーク検出差次的エピゲノムワイド関連解析差次的eQTL解析差次的メタボローム解析差次的経路エンリッチメント解析差次的単一細胞RNAシーケンス解析差次的バリアントコーリングeQTL解析遺伝子セット濃縮解析 (GSEA)ゲノムワイド関連解析 (GWAS)機械学習支援ChIP-seqピークコール機械学習支援型 eQTL解析機械学習支援型遺伝子セット濃縮解析機械学習支援マイクロバイオーム多様性解析機械学習支援RNAシーケンス差次的発現解析機械学習支援シングルセルRNAシーケンス解析メタボロミクス解析マルチオミクスeQTL解析マルチオミクス遺伝子セットエンリッチメント解析マルチオミクスメタボロミクス解析マルチオミクスプロテオミクス解析マルチオミクス単一細胞RNAシーケンス解析ネットワークベースのエピゲノムワイド関連解析（Network EWAS）ネットワークベースeQTL解析ネットワークベースの遺伝子セット濃縮分析ネットワークベースの微生物群集多様性解析ネットワークベースのRNA-seq差次発現解析ネットワークベースのシングルセルRNAシーケンス解析ネットワークベースのバリアントコーリング経路濃縮解析系統解析プロテオミクス解析シーケンスアライメントSingle-cell eQTL Analysisシングルセル遺伝子セット濃縮解析シングルセルGWASSingle-cell RNA-seq Analysis単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）差次的発現解析Single-cell Sequence Alignment時系列ChIP-seqピークコール時系列コピー数変異解析時系列エピゲノムワイド関連解析（time-series EWAS）時間的遺伝子セット濃縮解析時系列メタゲノム多様性解析時系列経路濃縮解析時系列系統解析時間経過プロテオミクス解析時系列RNAシーケンス差次的発現時間的単一細胞RNAシーケンス解析時系列バリアントコーリングバリアントコーリング