Process / pipelineBioinformatics / omics
ChIP-seqピークコーリング — クロマチン免疫沈降シーケンシングピークコーリング
ChIP-seqピークコーリングは、クロマチン免疫沈降実験からのシーケンシングリードに基づいて、標的タンパク質（転写因子またはヒストン修飾）が濃縮されているゲノム領域を特定する計算パイプラインです。これは、生のシーケンシングデータをゲノム全体にわたる高信頼性の結合または修飾部位のセットに変換し、遺伝子調節、クロマチン状態、およびエピジェネティックメカニズムの下流解析を可能にします。
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出典
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/chip-seq-peak-calling
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