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時系列メタゲノム多様性解析 — 縦断的メタゲノム多様性解析
時系列メタゲノム多様性解析は、同じ被験者において複数の時点にわたる微生物群集の豊度、均等度、および群集組成の変化を追跡する。標準的な多様性指標と縦断的統計モデルを組み合わせることで、個体間変動から真の経時的動態を分離し、食事の変化、抗生物質治療、または疾患発症などの摂動がメタゲノムをいつどのように再形成するかを特定する。
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出典
- Callahan, B. J., McMurdie, P. J., Rosen, M. J., Han, A. W., Johnson, A. J. A., & Holmes, S. P. (2016). DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature Methods, 13(7), 581–583. DOI: 10.1038/nmeth.3869 ↗
- Chen, Y., Lun, A. T. L., & Smyth, G. K. (2023). Differential abundance testing on single-cell data using quasi-likelihood methods. Genome Biology, 24(1), 188. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Longitudinal Microbiome Diversity Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/time-series-microbiome-diversity-analysis
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