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遺伝子セット濃縮解析 (GSEA)
遺伝子セット濃縮解析 (GSEA) は、生物学的経路、プロセス、または機能を表す定義済みの遺伝子セットが、2つの生物学的条件下で統計的に有意な協調的差異を示すかどうかを決定する計算手法です。単純な倍率変化フィルタリングとは異なり、GSEAは相関指標によってランク付けされた測定済みの全遺伝子を対象とし、単一の遺伝子が有意性の閾値を超えなくても、経路全体にわたる微妙だが一貫したシフトを検出します。
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出典
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Mootha, V. K., Lindgren, C. M., Eriksson, K. F., Subramanian, A., Sihag, S., Lehar, J., Puigserver, P., Carlsson, E., Ridderstrale, M., Laurila, E., Houstis, N., Daly, M. J., Patterson, N., Mesirov, J. P., Golub, T. R., Tamayo, P., Spiegelman, B., Lander, E. S., Hirschhorn, J. N., Altshuler, D., & Groop, L. C. (2003). PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nature Genetics, 34(3), 267–273. DOI: 10.1038/ng1180 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis
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- マルチオミクス遺伝子セットエンリッチメント解析バイオインフォマティクス↔ 比較
- ネットワークベースの遺伝子セット濃縮分析バイオインフォマティクス↔ 比較
- 経路濃縮解析バイオインフォマティクス↔ 比較
- RNA-seq 差次的発現バイオインフォマティクス↔ 比較
- Single-cell RNA-seq Analysisバイオインフォマティクス↔ 比較
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ベイズ遺伝子セット濃縮解析ベイジアン微生物群集多様性解析ベイズ経路富化解析ベイズRNA-seq差次的発現ChIP-seq差次的ピーク検出差次的経路エンリッチメント解析eQTL解析機械学習支援型遺伝子セット濃縮解析機械学習支援型パスウェイ濃縮分析機械学習支援RNAシーケンス差次的発現解析機械学習支援シングルセルRNAシーケンス解析メタボロミクス解析マルチオミクス遺伝子セットエンリッチメント解析マルチオミクスメタボロミクス解析マルチオミクス微生物多様性解析マルチオミクスパスウェイエンリッチメント解析マルチオミクスプロテオミクス解析マルチオミクスRNA-seq 差次的発現解析マルチオミクス単一細胞RNAシーケンス解析ネットワークベースのコピー数変異解析ネットワークベースの遺伝子セット濃縮分析ネットワークベースGWASネットワークベースのメタボローム解析ネットワークベースの微生物群集多様性解析ネットワークベースの経路エンリッチメント解析ネットワークベースのRNA-seq差次発現解析ネットワークベースのシングルセルRNAシーケンス解析経路濃縮解析プロテオミクス解析RNA-seq 差次的発現シングルセル遺伝子セット濃縮解析Single-cell RNA-seq Analysis単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）差次的発現解析時間的遺伝子セット濃縮解析時系列経路濃縮解析時系列RNAシーケンス差次的発現時間的単一細胞RNAシーケンス解析
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