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シングルセル遺伝子セット濃縮解析 — scGSEA
シングルセル遺伝子セット濃縮解析（scGSEA）は、古典的なバルクGSEAを個々の細胞の解像度に拡張したものです。サンプルレベルの比較で遺伝子セットが濃縮されているかどうかをテストする代わりに、scGSEAは各細胞に濃縮または活性化スコアを割り当て、研究者がシングルセルRNAシーケンスデータで捉えられた不均一な細胞集団、細胞状態、および発生軌跡にわたる経路活性をマッピングできるようにします。
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出典
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
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- RNA-seq 差次的発現バイオインフォマティクス↔ 比較
- Single-cell RNA-seq Analysisバイオインフォマティクス↔ 比較
- 単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）差次的発現解析バイオインフォマティクス↔ 比較
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