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ベイズ的配列アラインメント — 不確実性定量化を伴う確率的アラインメント

ベイズ的配列アラインメントは、生物学的配列(DNA、RNA、またはタンパク質)のアラインメントを、決定論的な最適化問題ではなく、確率的推論問題として扱います。単一の最良アラインメントを返す代わりに、置換モデルとギャップペナルティ事前分布が与えられた場合に、全ての妥当なアラインメントに対する事後分布からサンプリングを行い、それによってアラインメントの不確実性を定量化します。これは、系統発生推定や機能アノテーションなどの下流解析がアラインメントエラーに敏感である場合に特に価値があります。

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出典

  1. Redelings, B. D., & Suchard, M. A. (2005). Joint Bayesian estimation of alignment and phylogeny. Systematic Biology, 54(3), 401–418. link
  2. Holmes, I., & Bruno, W. J. (2001). Evolutionary HMMs: a Bayesian approach to multiple alignment. Bioinformatics, 17(9), 803–820. link

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ScholarGate. (2026, June 3). Bayesian Probabilistic Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/bayesian-sequence-alignment

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ScholarGateBayesian Sequence Alignment (Bayesian Probabilistic Sequence Alignment). 2026-06-15に以下より取得 https://scholargate.app/ja/bioinformatics/bayesian-sequence-alignment · データセット: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026