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時間的遺伝子セット濃縮解析 — 時点を通じた動的経路濃縮
時間的遺伝子セット濃縮解析（TS-GSEA）は、古典的なGSEAフレームワークを拡張し、生物学的に協調した遺伝子セット（経路、遺伝子オントロジー用語、またはキュレーションされたシグネチャ）の集団的な発現が時間とともに意味のある変化を検出する。2つのスナップショットを比較するのではなく、遺伝子発現の完全な時間的軌跡をモデル化し、発達、治療応答、または疾患進行などの生物学的プロセス中にどの機能プログラムが活性化、抑制、または動的に再構築されるかを特定する。
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出典
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
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