Process / pipelineBioinformatics / omics
Single-cell Sequence Alignment — scRNA-seq Read Mapping
Single-cell sequence alignment は、single-cell RNA-seq実験で生成された数百万もの短いシーケンスリードを、参照ゲノムまたはトランスクリプトームにマッピングする計算ステップです。バルクRNA-seqアラインメントとは異なり、各リードはセルバーコードとユニーク分子識別子（UMI）を保持しており、これらが組み合わさって元の細胞と個々のRNA分子を識別します。正確なアラインメントとバーコードのデマルチプレキシングは、すべての下流のsingle-cell解析を駆動するセル遺伝子カウント行列を構築するための前提条件です。
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出典
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
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- RNA-seq 差次的発現バイオインフォマティクス↔ compare