ScholarGate
Asszisztens

Bioinformatika

112 módszer ebben a családban.

Kiemelt

Admixture analízisAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheŐsi állapot rekonstrukcióAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofATAC-seq analízisATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cCsúcsdetektálás ChIP-seq mintavétellelChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Koaleszcens elméletCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaCopy Number Variation AnalysisCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Olvasási útvonal

E témakör leggyakrabban hivatkozott alapmódszerei kidolgozásuk sorrendjében — kiindulópont, ha most ismerkedik a területtel.

  1. Copy Number Variation Analysis1998–2006Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map) nyomán
  2. Pathway Enrichment Analysis2003–2005Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005) nyomán
  3. Génkészlet-gazdagítási elemzés (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute) nyomán
  4. Genom-szintű asszociációs vizsgálat (GWAS)2005–2007Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007) nyomán
  5. Epigenom-szintű asszociációs vizsgálat (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application nyomán
  6. RNA-seq differenciális expresszió2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010) nyomán
  7. Egysejtű RNS-szekvenálási analízis2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015) nyomán
  8. Variánsdetektálás2009–2010 (modern high-throughput era)Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010) nyomán
az ezen a polcon található összes módszer ↓

Minden módszer 112

Admixture analízisŐsi állapot rekonstrukcióATAC-seq analízisCsúcsdetektálás ChIP-seq mintavétellelKoaleszcens elméletCopy Number Variation AnalysisCRISPR-szűrő analízisKrio-elektronmikroszkópos rekonstrukcióDe Novo Transkriptom AsszamblázsDifferenciális ChIP-seq csúcshívásDifferenciális másolatszám-variáció analízisDifferenciális Epigenom-Szintű Asszociációs VizsgálatDifferenciális eQTL analízisDifferenciális Metabolomikai ElemzésDifferenciális útvonal-gazdagodáselemzésDifferenciálproteomikai analízisDifferenciális egyszálú RNS-szekvenálási analízisDifferenciális variánsdetektálásEpigenom-szintű asszociációs vizsgálat (EWAS)Genom-szintű asszociációs vizsgálat az oktatáskutatásbaneQTL analízisF-statisztikák (FST)GCTAGénkészlet-gazdagítási elemzés (GSEA)Genom-szintű asszociációs vizsgálat (GWAS)Genom-szintű asszociációs vizsgálat az oktatáskutatásbanHi-C analízisHKA-tesztHMMER profilkeresésHomológia modellezésIBD-térképezésLD blokk analízisGépi tanulással támogatott ChIP-seq csúcshívásGépi tanulással támogatott másolatszám-variáció elemzésGépi tanulással támogatott epigenom-szintű asszociációs vizsgálat (ML-EWAS)Gyakorlati gépi tanulás-alapú eQTL analízisGépi tanulással támogatott génkészlet-gazdagodási analízisGépi tanulással támogatott GWASGépi tanulással támogatott metabolomikai analízisGépi tanulással támogatott mikrobiomdiverzitás-elemzésGépi tanulással támogatott útvonal-gazdagítási analízisGépi tanulás-alapú filogenetikai analízisGépi tanulással támogatott RNA-seq differenciálexpressziós analízisGépi tanulással támogatott szekvenciaillesztésGépi tanulással támogatott egyszálú RNS-szekvencia analízisVariánsdetektálás gépi tanulással (ML-alapú genomikai variánsdetektálás)McDonald-Kreitman TestMetabolomika elemzéseMetagenomikus binningMolekuláris dokkolásMulti-Omics Epigenome-Wide Association StudyMulti-omics eQTL analysisMulti-omikai génkészlet-gazdagítási analízisMulti-omics metabolomics analízisMulti-omics mikrobiom diverzitásanalízisMulti-omics Pathway Enrichment AnalysisFilogenomika Integratív FilogenomikaMulti-omikai proteomikai analízisTöbb-omikszos RNS-seq differenciális expresszió analízisMulti-omics Single-Cell RNA-seq AnalysisHálózatalapú másolatszám-variációs analízisHálózatalapú Epigenom-szintű Asszociációs Vizsgálat (Network EWAS)Hálózatalapú eQTL analízisHálózat-alapú GWAS – Hálózat-alapú Genom-szintű Asszociációs VizsgálatHálózatalapú metabolomikai analízisHálózatalapú mikrobiom diverzitásanalízisHálózatalapú útvonal-gazdagítási analízisHálózat alapú filogenetikai analízisHálózat-alapú RNS-szekvenálás differenciális expresszió analízisHálózatalapú egysejtű RNA-seq analízisHálózatalapú variánsdetektálásPathway Enrichment AnalysisFarmakofór modellezésFilogenetikai elemzésFylogenetikai Független KontrasztusokPoligénes Kockázati PontszámPPI hálózat topológiaProteomikai analízis – Tömeghártya-alapú fehérjeprofilozásQSARQTL-feltérképezésRNA VelocityRNA-seq differenciális expresszióA szelekciós söprés (Tajima D-statisztika)Sequence AlignmentEgysejtes ChIP-seq csúcskeresés (Peak Calling)Egysejtű (Single-cell) genommásolatszám-variáció elemzésEgysejtes epigenom-szintű asszociációs vizsgálat (scEWAS)Single-cell eQTL AnalysisEgysejtes génkészlet-gazdagodáselemzéseEgysejtes GWASEgysejtes metabolomica-analízisEgysejtű mikrobiom sokféleség-elemzéseEgysejtű filogenetikai analízisEgysejtű RNS-szekvenálási analízisEgysejtű RNS-szekvenálási differenciálexpressziós analízisSingle-cell Sequence AlignmentEgysejtű variánsdetektálásIdősorozat ChIP-seq csúcshívás – Temporális kromatin profilalkotásIdősoros másolatszám-variáció analízisIdőtávos epigenom-szintű asszociációs vizsgálat (time-series EWAS)Időtartam-sorozat eQTL analízisIdősorozat génkészlet-gazdagítási analízisTime-series metabolomics analysisIdősoros mikrobiom sokféleség-elemzésIdősoros útvonal-gazdagítási analízisIdősoros filogenetikai analízis – Temporális filogenetikaIdősoros proteomikai analízisDifferenciális expresszió idősoros RNA-seq adatokonIdőkori egysejtű RNS-szekvenálási (scRNA-seq) analízisIdősoros variánshívásTransmission Disequilibrium TestVariánsdetektálás

Továbbiak itt: Jelfeldolgozás és tudományos számítás

Jelfeldolgozás és numerikus módszerek 48