Single-cell Sequence Alignment — scRNA-seq Read Mapping
A single-cell DNSzekvencia-illesztés az a számítási lépés, amely a sejt-RNS-szekvenálási (scRNA-seq) kísérletek által előállított több millió rövid szekvencia-leolvasást (read) egy referenciatartományra vagy -transzkriptomra képezi le. A kötegelt RNS-szekvenálás (bulk RNA-seq) illesztésével ellentétben minden leolvasás tartalmaz egy sejtbazárkódot és egy egyedi molekuláris azonosítót (UMI), amelyek együttesen azonosítják a származási sejtet és az egyes RNS-molekulákat. A pontos illesztés és a bazárkód-demultiplexelés előfeltétele a sejtek és gének közötti számláló mátrix (cell-by-gene count matrix) felépítésének, amely minden további, sejtszintű analízist vezérel.
A teljes módszer elolvasása
Jelentkezzen be ingyenes fiókkal a szakasz elolvasásához.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Források
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Hogyan hivatkozzon erre az oldalra
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/hu/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq differenciális expresszióBioinformatika↔ compare
Hivatkozik rá
Hibát talált ezen az oldalon? Jelentse, vagy javasoljon javítást →