Hálózatalapú variánsdetektálás — Gráfgenom alapú genotipizálás
A hálózatalapú (gráftgenom alapú) variánsdetektálás a hagyományos, lineáris referencigenom helyett egy variációs gráft használ, amely egy olyan hálózat, ahol a csomópontok szekmensszegmenseket, az élek pedig ismert alternatív útvonalakat jelölnek a genomon keresztül. Az olvasatokat erre a gráftra képezik le, lehetővé téve az SNP-k, indellek és strukturális variánsok detektálását, lényegesen alacsonyabb referencia-torzítással, mint a lineáris referenciát használó pipeline-ok. Kulcsfontosságú eszközök közé tartozik a Variation Graph Toolkit (vg) és a Graphtyper.
A teljes módszer elolvasása
Jelentkezzen be ingyenes fiókkal a szakasz elolvasásához.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Források
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
Hogyan hivatkozzon erre az oldalra
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/hu/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Bayes-i VáltozatdetektálásBioinformatika↔ compare
- Copy Number Variation AnalysisBioinformatika↔ compare
- Genom-szintű asszociációs vizsgálat (GWAS)Bioinformatika↔ compare
- RNA-seq differenciális expresszióBioinformatika↔ compare
- Sequence AlignmentBioinformatika↔ compare
- VariánsdetektálásBioinformatika↔ compare
Hibát talált ezen az oldalon? Jelentse, vagy javasoljon javítást →