De Novo Transkriptom Asszamblázs
A de novo transzkriptom asszamblázs teljes hosszúságú messenger RNS szekvenciákat rekonstruál közvetlenül szekvenálási leolvasásokból, referenciatartomány genom nélkül. Regev, Haas és kollégái által úttörőként kidolgozott pipeline lehetővé teszi a transzkriptum felfedezést nem modell szervezetekben, valamint új izoformok, fúziós gének és splice variánsok kimutatását.
A teljes módszer elolvasása
Jelentkezzen be ingyenes fiókkal a szakasz elolvasásához.
Módszertérkép
A rokon módszerek környezete — válasszon ki egy csomópontot a felfedezéshez.
Források
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Hogyan hivatkozzon erre az oldalra
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/hu/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Melyik módszer?
Állítsa e módszert a hozzá legközelebb álló rokonai mellé, és olvassa őket egymás mellett — a könyvtár az asztalra teszi a könyveket; a választás az Öné.
- CRISPR-szűrő analízisBioinformatika↔ összehasonlítás
- HMMER profilkeresésBioinformatika↔ összehasonlítás
- Metagenomikus binningBioinformatika↔ összehasonlítás
Hivatkozik rá
Hibát talált ezen az oldalon? Jelentse, vagy javasoljon javítást →