Metagenomikus binning
A metagenomikus binning az összerakott (assembled) kontigok particionálása komplex mikrobiális közösségekből különálló genom-bin-ekbe, amelyek mindegyike egy-egy egyedi organizmust vagy törzset képvisel. A Banfield és kollégái által úttörőként kidolgozott eljárás (pipeline) egyedi organizmus-genomokat (metagenom-assemblált genomok vagy MAG-ok) izolál környezeti mintákból, anélkül, hogy tenyésztett izolátumokra lenne szükség.
A teljes módszer elolvasása
Jelentkezzen be ingyenes fiókkal a szakasz elolvasásához.
Módszertérkép
A rokon módszerek környezete — válasszon ki egy csomópontot a felfedezéshez.
Források
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Hogyan hivatkozzon erre az oldalra
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/hu/bioinformatics/metagenomic-binning
Melyik módszer?
Állítsa e módszert a hozzá legközelebb álló rokonai mellé, és olvassa őket egymás mellett — a könyvtár az asztalra teszi a könyveket; a választás az Öné.
- CRISPR-szűrő analízisBioinformatika↔ összehasonlítás
- De Novo Transkriptom AsszamblázsBioinformatika↔ összehasonlítás
- HMMER profilkeresésBioinformatika↔ összehasonlítás
Hivatkozik rá
Similar methods
Hibát talált ezen az oldalon? Jelentse, vagy javasoljon javítást →