ScholarGate
Avustaja

Bioinformatiikka

112 menetelmää tässä perheessä.

Esittelyssä

SekoittumisanalyysiAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheMuinaisten tilojen rekonstruktioAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofATAC-seq-analyysiATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cChIP-seq-piikkien tunnistusChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based KoalesenssiteoriaCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaKopiolukuvaihtelun analyysi – CNV:n havaitseminen ja tulkintaCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Lukupolku

Tämän aiheen viitatuimmat perusmenetelmät kehitysjärjestyksessään — hyvä aloituspaikka, jos olet täällä uusi.

  1. Kopiolukuvaihtelun analyysi – CNV:n havaitseminen ja tulkinta1998–2006tekijä Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Polkurikastusanalyysi2003–2005tekijä Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Geenien joukon rikastumisanalyysi (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)tekijä Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS)2005–2007tekijä Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Epigenomilaajuinen Assosiaatiotutkimus (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)tekijä Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysi2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)tekijä Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Yksittäisen solun RNA-sekvensointi -analyysi2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016tekijä Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Varianttien tunnistus2009–2010 (modern high-throughput era)tekijä Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
kaikki tämän hyllyn menetelmät ↓

Kaikki menetelmät 112

SekoittumisanalyysiMuinaisten tilojen rekonstruktioATAC-seq-analyysiChIP-seq-piikkien tunnistusKoalesenssiteoriaKopiolukuvaihtelun analyysi – CNV:n havaitseminen ja tulkintaCRISPR-seulonnan analyysiKryo-EM-rekonstruktioDe Novo -transkriptomin kokoaminenDifferentiaalinen ChIP-seq-piikkien tunnistusDifferentiaalinen kopiolukuvaihteluanalyysi – Vertaileva CNV- / SCNA-analyysiDifferentiaalinen epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimusDifferentiaalinen eQTL-analyysiDifferentiaalinen metabolomiikka-analyysiDifferentiaalinen reitinrikastusanalyysiDifferentiaalinen proteomiikka-analyysiDifferentiaalinen yksittäissolu-RNA-seq-analyysi (scRNA-seq)Differentiaalinen varianttien kutsuminenEpigenomilaajuinen Assosiaatiotutkimus (EWAS)Epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimus koulutustutkimuksessaeQTL-analyysiF-tilastot (FST)GCTAGeenien joukon rikastumisanalyysi (GSEA)Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS)Genomilaajuinen assosiaatiotutkimus koulutustutkimuksessaHi-C-analyysiHKA-testiHMMER-profiilihakuHomologiamallinnusIBD-kartoitusLD-lohkoanalyysiKoneoppimista hyödyntävä ChIP-seq-piikkien tunnistusKoneoppimista hyödyntävä kopiolukuvaihtelun (CNV) analyysiKoneoppimista hyödyntävä epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimus (ML-EWAS)Koneoppimista hyödyntävä eQTL-analyysiKoneoppimiseen perustuva geenijoukkojen rikastusanalyysiKoneoppimista hyödyntävä genominlaajuinen assosiaatiotutkimusKoneoppimista hyödyntävä metabolomiikka-analyysiKoneoppimista hyödyntävä mikrobiston monimuotoisuusanalyysiKoneoppimista hyödyntävä reittien rikastumisanalyysiKoneoppimispohjainen fylogeneettinen analyysiKoneoppimista hyödyntävä RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiKoneoppimista hyödyntävä sekvenssien kohdistusKoneoppimiseen perustuva yksisolun RNA-sekvensointianalyysiKoneoppimista hyödyntävä varianttien kutsuminenMcDonald-Kreitman-testiMetabolomiikan analyysiMetagenominen lajitteluMolekyylidokitusMonimuoto-omiikkaan perustuva epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimusMoni-omics eQTL-analyysiMulti-omics Gene Set Enrichment AnalysisMonitieteinen metabolomiikka-analyysiMonitieteinen mikrobiyhteisön diversiteettianalyysiMoni-omics polkurikastusanalyysiMonimuotoinen fylogeneettinen analyysi – Integroiva fylogenomiikkaMoni-omics proteomiikan analyysiMoni-omics RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiMonitieteinen yksisoluisten RNA-seq-analyysiVerkkopohjainen kopiolukuvaihteluanalyysiVerkkopohjainen epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimus (Network EWAS)Verkkopohjainen eQTL-analyysiVerkostopohjainen GWASVerkostopohjainen metabolomiikka-analyysiVerkostoihin perustuva mikrobiyhteisön diversiteettianalyysiVerkostoihin perustuva reitin rikastumisanalyysiVerkkopohjainen fylogeneettinen analyysi – Fylogeneettisen verkon päättelyVerkostoihin perustuva RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiVerkostoihin perustuva yksittäissolu-RNA-seq-analyysiVerkkoihin perustuva varianttien tunnistusPolkurikastusanalyysiFarmakoforimallinnusFylogeneettinen analyysiFylogeneettisesti riippumattomat kontrastitPolygeeninen riskipisteetPPI-verkon topologiaProteomiikan analyysiQSARQTL-analyysiRNA-nopeusRNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiValintalaka (Tajima's D)Sekvenssien kohdistusYksittäisen solun ChIP-seq-piikkien tunnistus – scChIP-seq-epigenomiprofilointiSingle-cell Copy Number Variation AnalysisYhden solun epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimus (scEWAS)Yhden solun eQTL-analyysiYhden solun geenijoukkojen rikastumisanalyysiYksisolu-GWAS – Solutyyppispesifi geneettinen assosiaatioanalyysiYksittäissolujen metabolomiikan analyysiYksittäissolupohjainen mikrobiomin diversiteettianalyysiYksittäissolu-fylogeneettinen analyysiYksittäisen solun RNA-sekvensointi -analyysiYksittäisen solun RNA-seq-differentiaalisen ilmentymisen analyysiYksittäissolujen sekvenssien kohdistusYksittäissoluvarianttien tunnistus – mutaatioiden havaitseminen solutarkkuudellaAika-sarjojen ChIP-seq-piikkien tunnistusAikasarjojen kopiolukumäärävariaatioiden (CNV) analyysiAikasarjaepigenomilaajuinen assosiaatiotutkimusAikasarja-eQTL-analyysiAika-sarjojen geenijoukkojen rikastumisanalyysiAikasarjojen metabolomiikka-analyysiAikasarjojen mikrobiyhteisön monimuotoisuusanalyysiAjan sarjan polkujen rikastumisanalyysiAikasarjojen fylogeneettinen analyysiAikasarjaprotiomiikkaAikasarjojen RNA-seq-differentiaaliekspressioAjan sarja -yksilusoluisen RNA-seq-analyysinAikasarjojen varianttien kutsuminenSiirtotasapainoettomuustestiVarianttien tunnistus

Lisää ryhmässä Signaalinkäsittely ja tieteellinen laskenta

Signaalit ja numeeriset menetelmät 48