Verkostoihin perustuva reitin rikastumisanalyysi
Verkostoihin perustuva reitin rikastumisanalyysi yhdistää molekyylien vuorovaikutusverkostoja – proteiini-proteiini-vuorovaikutuksia, signalointigraafeja tai geenisäätelyverkostoja – omics-mittauksiin tunnistaakseen biologisia reittejä, jotka ovat koordinaattisesti muuttuneita tietyssä tilassa. Toisin kuin klassiset yliedustus- tai geenijoukkojen rikastumismenetelmät, jotka käsittelevät reittien geenejä itsenäisinä listoina, tämä menetelmäperhe levittää signaaleja verkoston reunojen yli, ottaen huomioon vuorovaikutusten topologian ja paljastaen häiriintyneitä moduuleja, jotka tasolistoihin perustuva rikastuminen jättäisi huomiotta.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Ideker, T., Ozier, O., Schwikowski, B., & Siegel, A. F. (2002). Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks. Bioinformatics, 18(suppl_1), S233–S240. link ↗
- Vaske, C. J., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Earl, D., Szeto, C., Zhu, J., Haussler, D., & Stuart, J. M. (2010). Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM. Bioinformatics, 26(12), i237–i245. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq182 ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Pathway Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/network-based-pathway-enrichment-analysis
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- Geenien joukon rikastumisanalyysi (GSEA)Bioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →