HMMER-profiilihaku
HMMER-profiilihaku tunnistaa etäisiä proteiinisekvenssihomologeja käyttäen proteiiniperheiden todennäköisyysmalleja, jotka tunnetaan piilo-Markov-malleina (HMM). Eddyn ja kollegoiden kehittämä menetelmä vangitsee sekvenssivariaatiokuvioita proteiiniperheiden sisällä ja havaitsee homologeja paljon suuremmalla herkkyydellä kuin paikkapainomatriisit tai pareittainen kohdistus.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/hmmer-profile-search
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- Kryo-EM-rekonstruktioBioinformatiikka↔ vertaa
- Metagenominen lajitteluBioinformatiikka↔ vertaa
- MolekyylidokitusBioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →