Metagenominen lajittelu
Metagenominen lajittelu jakaa monimutkaisten mikrobiyhteisöjen koostetuista fragmenteista (contigs) erillisiksi genomialueiksi (genome bins), joista kukin edustaa yksittäistä organismia tai kantaa. Banfieldin ja kollegoiden uraauurtama menetelmä eristää yksittäisorgaanismisia genomeja (metagenomista koottuja genomeja tai MAGeja) ympäristönäytteistä ilman viljelyyn perustuvia eristeitä.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/metagenomic-binning
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- CRISPR-seulonnan analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- De Novo -transkriptomin kokoaminenBioinformatiikka↔ vertaa
- HMMER-profiilihakuBioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →