De Novo -transkriptomin kokoaminen
De novo -transkriptomin kokoaminen rekonstruoi täyspitkiä lähetti-RNA-sekvenssejä suoraan sekvensointilukemista ilman referenssigenomia. Regevin, Haasin ja kollegoiden uraauurtama putki mahdollistaa transkriptien löytämisen malliorganismeista ja uusien isoformien, fuusiogeenejen ja silmukointivarianttien tunnistamisen.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- CRISPR-seulonnan analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- HMMER-profiilihakuBioinformatiikka↔ vertaa
- Metagenominen lajitteluBioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →