Aika-sarjojen geenijoukkojen rikastumisanalyysi — dynaaminen reitikkorikastuminen aikapisteiden yli
Aika-sarjojen geenijoukkojen rikastumisanalyysi (TS-GSEA) laajentaa klassista GSEA-kehystä biologisten koordinoitujen geenijoukkojen — reittien, geeniontologian termien tai kuratoitujen allekirjoitusten — havaitsemiseksi, joiden kollektiivinen ilmentyminen muuttuu merkityksellisesti ajan myötä. Sen sijaan, että verrattaisiin kahta tilannekuvaa, se mallintaa geeniekspression täydellisen ajallisen trajektorin tunnistaakseen, mitkä toiminnalliset ohjelmat aktivoituvat, tukahdutetaan tai mallinnetaan dynaamisesti uudelleen biologisen prosessin, kuten kehityksen, hoitovasteen tai sairauden etenemisen, aikana.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- Geenien joukon rikastumisanalyysi (GSEA)Bioinformatiikka↔ vertaa
- Multi-omics Gene Set Enrichment AnalysisBioinformatiikka↔ vertaa
- PolkurikastusanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Yksittäisen solun RNA-sekvensointi -analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Aikasarjojen RNA-seq-differentiaaliekspressioBioinformatiikka↔ vertaa
Similar methods
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →