Yksittäissolujen sekvenssien kohdistus — scRNA-seq-lukemien kartoitus
Yksittäissolujen sekvenssien kohdistus on laskennallinen vaihe, jossa miljoonat yksittäissolu-RNA-sekvensointikokeissa tuotetut lyhyet sekvensointilukemat kartoitetaan takaisin referenssigenomiin tai -transkriptomiin. Toisin kuin irtotavarana RNA-sekvensoinnin kohdistuksessa, jokainen lukema sisältää solun tunnisteen (barcode) ja uniikin molekyylitunnisteen (UMI), jotka yhdessä tunnistavat alkuperäisen solun ja yksittäisen RNA-molekyylin. Tarkka kohdistus ja tunnisteiden demultipleksaus ovat edellytyksiä solujen ja geenien lukumäärämatriisin muodostamiselle, joka ohjaa kaikkia yksittäissoluanalyysin jatkotoimenpiteitä.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Lähteet
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiBioinformatiikka↔ compare
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →