ATAC-seq-analyysi
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) on menetelmä kromatiinin avoimuuden kartoittamiseen koko genomin laajuisesti. Buenrostro ja kollegat kehittivät sen vuonna 2013. ATAC-seq käyttää hyperaktiivista transposaasia avoimien, saavutettavien kromatiinialueiden merkitsemiseen, mikä mahdollistaa nopean ja herkän säätely-DNA-elementtien tunnistamisen. ATAC-seq on vakiintunut tekniikka geenien säätelymaisemien karakterisointiin, solutyyppispesifisten säätelyelementtien löytämiseen ja geenien säätelyverkostojen päättelyyn.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Lähteet
- Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y., & Greenleaf, W. J. (2013). Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of cell populations and tissues. Nature Methods, 10(12), 1213–1218. link ↗
- Corces, M. R., Buenrostro, J. D., Wu, B., Greenside, P. G., Chan, S. M., Koenig, J. L., & Greenleaf, W. J. (2017). Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis. Nature Genetics, 48(10), 1193–1203. DOI: 10.1038/ng.3646 ↗
- Satpathy, A. T., Granja, J. M., Yost, K. E., Qi, Y., Meschi, F., McDermott, G. P., & Chang, H. Y. (2019). Massively parallel single-cell chromatin landscapes. Nature Biotechnology, 37(12), 1452–1462. link ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). ATAC-seq Analysis for Chromatin Accessibility and Regulatory Landscapes. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/genetics/atac-seq-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Hi-C-analyysiGenetiikka↔ compare
- RNA-nopeusGenetiikka↔ compare
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →