Yhden solun geenijoukkojen rikastumisanalyysi — scGSEA
Yhden solun geenijoukkojen rikastumisanalyysi (scGSEA) laajentaa klassista bulk-GSEA:ta yksittäisten solujen resoluutioon. Sen sijaan, että testattaisiin, onko geenijoukko rikastunut näytteen tasolla, scGSEA määrittää rikastumis- tai aktiivisuuspisteet kullekin solulle, mikä mahdollistaa tutkijoille reittien aktiivisuuden kartoittamisen heterogeenisissä solupopulaatioissa, solutiloissa ja kehitysjatkumoissa, jotka on tallennettu yhden solun RNA-sekvensointidataan.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- Geenien joukon rikastumisanalyysi (GSEA)Bioinformatiikka↔ vertaa
- PolkurikastusanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- RNA-seq-differentiaaliekspressioanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Yksittäisen solun RNA-sekvensointi -analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Yksittäisen solun RNA-seq-differentiaalisen ilmentymisen analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Similar methods
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →