Single-cell Copy Number Variation Analysis
Kuvittele kasvain ei yhtenäisenä massana vaan kilpailevien solulinjojen ekosysteeminä, joista kukin kerää erilaisia kromosomien suurenemisia ja pienenemisiä. Bulkki-sekvensointi keskiarvoistaa nämä erot pois, peittäen monimuotoisuuden. Yksittäisten solujen CNV-analyysi käsittelee kutakin solua omana genominaan lukien, kuinka monta kopiota kustakin perimän alueesta se sisältää. Samankaltaisia kopiolukutyyppiprofiileja omaavat solut ryhmitellään klooneiksi, ja kloonien väliset evolutiiviset suhteet voidaan rekonstruoida – paljastaen, mikä alipopulaatio on laajenemassa, mikä on kantamuoto ja mikä kopiolukutapahtuma oli perustajalesio.
Lue koko menetelmä
Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.
Menetelmäkartta
Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.
Lähteet
- Garvin, T., Aboukhalil, R., Kendall, J., Baslan, T., Atwal, G. S., Hicks, J., Wigler, M., & Schatz, M. C. (2015). Interactive analysis and assessment of single-cell copy-number variations. Nature Methods, 12(11), 1058–1060. link ↗
- Gao, R., Bai, S., Henderson, Y. C., Lin, Y., Schalck, A., Yan, Y., Kumar, T., Hu, M., Sei, E., Davis, A., Wang, F., Shaitelman, S. F., Wang, J. R., Chen, K., Moulder, S., Lai, S. Y., & Navin, N. E. (2021). Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes. Nature Biotechnology, 39(5), 599–608. link ↗
Näin viittaat tähän sivuun
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/single-cell-copy-number-variation-analysis
Mikä menetelmä?
Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.
- Kopiolukuvaihtelun analyysi – CNV:n havaitseminen ja tulkintaBioinformatiikka↔ vertaa
- Yhden solun epigenomilaajuinen assosiaatiotutkimus (scEWAS)Bioinformatiikka↔ vertaa
- Yksisolu-GWAS – Solutyyppispesifi geneettinen assosiaatioanalyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Yksittäisen solun RNA-sekvensointi -analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Yksittäisen solun RNA-seq-differentiaalisen ilmentymisen analyysiBioinformatiikka↔ vertaa
- Varianttien tunnistusBioinformatiikka↔ vertaa
Tähän viittaavat
Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →